Identificatie van hub-genen die verband houden met de ontwikkeling van acuut nierletsel

Contact:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Xiao Lin Jianchun Li Ruizhi Tan Xia Zhong Jieke Yang Li Wang

Laboratorium voor profylaxe en behandeling van orgaanfibrose door traditionele Chinese en westerse geneeskunde te combineren, onderzoekscentrum voor geïntegreerde traditionele Chinese en westerse geneeskunde, aangesloten ziekenhuis voor traditionele geneeskunde, Southwest Medical University, Luzhou, China

bulk cistanche beoordelingen:heel goed voornierfunctie

Trefwoorden

Gewogen gen co-expressie netwerkanalyse·Acuutnierblessure·Rplp1.Lgals1

Abstract

Achtergrond: Acuutnierblessure(AKI) is een ernstig klinisch syndroom dat wereldwijd een ernstige medische en sociaaleconomische last veroorzaakt. Deze studie was gericht op het onderzoeken van onderliggende moleculaire doelen die verband houden met de progressie van AKl. Methoden: Een openbare database afkomstig van de NCBI GEO-database (serienummer: GSE121190) en een gevestigde en onpartijdige methode van gewogen gen-co-expressienetwerkanalyse (WGCNA) om hub-genen en potentiële paden te identificeren werden gebruikt. Verder werden de unbiasedhub-genen gevalideerd in 2 klassieke modellen van AKl in een knaagdiermodel: chemisch vastgestelde AKI door cisplatine- en ischemie-reperfusie-geïnduceerde AKI. Resultaten: Een totaal van 17 modules werden uiteindelijk verkregen door de onbevooroordeelde methode van WGCNA, waarbij de genen in de turquoise module een sterke correlatie vertoonden met de ontwikkeling van AKl. Bovendien onthulden de resultaten van genontologie dat de genen in de turquoise module betrokken waren bij de nierfunctieblessureen nierfibrose. De hub-genen werden dus verder gevalideerd door experimentele methoden en verkregen voornamelijk Rplp1 en Lgals1 als belangrijkste kandidaatgenen die verband houden met de progressie van AKI door het voordeel van kwantitatieve PCR, Western-blotting en in situ weefselfluorescentie. Belangrijk is dat de expressie van Rplp1 en Lgals1 op eiwitniveau een positieve correlatie vertoonde met de nierfunctie, inclusief serum Cr en BUN. Conclusies: Door het voordeel van de onbevooroordeelde bioinformatica-methode en de daaruit voortvloeiende experimentele verificatie, legt deze studie de basis voor de pathogenese en de ontwikkeling van therapeutische agentia van AKI.

Invoering

acuutnierblessure(AKI) is een veelvoorkomend klinisch syndroom, dat een verscheidenheid aan pathofysiologische processen omvat [1, 2]. In feite is het herstel van de nierfunctie bij AKI vaak onvolledig en ontwikkelt het zich geleidelijk tot CKD, dat uiteindelijk evolueert naar ESRD [3]. AKI levert een cruciale bijdrage aan CKD en de daaruit voortvloeiende ESRD [4]. In de progressie van AKI-overgangen naar CKD, manifesteren structurele afwijkingen zich als matrixexpansieafzetting in zowel mesangium als tubulo-interstitium. Gericht op

op nierfibrose na AKI wordt beschouwd als een therapeutische benadering om de overgangen te minimaliseren [5-7].

Verhoogde plasma Cr wordt beschouwd als een klassiek criterium voor de diagnose van AKI in de afgelopen decennia. Maar het is misschien geen goede biomarker omdat het vaak de balans tussen productie en uitscheiding van Cr suggereert [8]. Hoewel het elimineren van de korte- en langetermijnresultaten van AKI dringend is, zijn therapeutische therapieën en biomarkers voor vroege detectie nog steeds beperkt. Bovendien zijn er momenteel geen klinisch geldige biomarkers voor de diagnose van nierfibrose na AKI. Daarom is het gunstig om meer therapeutische therapieën te ontwikkelen en de potentiële biomarkers te achterhalen voor de behandeling van fibrose en het vertragen van de progressie [1, 8].

Vanwege gebrekkige methodologieën van de moleculaire biologie zijn er nog steeds bepaalde beperkingen in de uitgebreide verkenning van het hele biologische systeem bij ziekten [9]. Als een systematische biologische methode voor het beschrijven van de genetische associatiepatronen tussen verschillende monsters, wordt gewogen gen-co-expressienetwerkanalyse (WGC-NA) voornamelijk gebruikt om zeer collaboratieve modules te screenen en te identificeren. Volgens de internaliteit van de module en de relatie tussen modules en fenotypen, is het op grote schaal gebruikt in de studie van omics-analyse om potentiële biomarkers of therapeutische doelen te delven [10-12]. Vergeleken met gegevens die alleen gericht zijn op differentiële expressie, heeft WGCNA de volgende voordelen: het kan volledig profiteren van informatie, interessante afwisselingen van fenotypes associëren en de defecten van differentiële expressie-analyse vermijden door kunstmatig drempels in te stellen. Bovendien kan WGCNA niet alleen het mRNA-niveau van monsters analyseren, maar ook worden gebruikt voor micro-RNA- en proteomics-onderzoek, wat van grote hulp is bij het vinden van potentiële biologische markers en therapeutische doelen [13, 14].

In de huidige studie hebben we een gevestigde bio-informatische methode uitgevoerd - WGCNA - om het expressieprofiel te analyseren (NCBI GEO-serienummer: GSE121190) en gericht op het identificeren van de mogelijke routes en genen die verband houden met de progressie van AKI. Belangrijk is dat we experimentele methoden hebben gebruikt om de hub-genen verder te verifiëren, om nieuwe inzichten te verschaffen voor het optreden, de ontwikkeling en de behandeling van AKI.

cistanche reddit nierbehandelingsmethode

Materialen en methodes

Voorverwerking van gegevens

De dataset is verkregen uit de GEO-database. In deze studie werden 12 monsters van de GSE121190-dataset gebruikt voor WGCNA-analyse. Twaalf monsters omvatten de controlegroep en foliumzuur-geïnduceerde 3-/7-/14-dag AKI-groep (3 monsters per groep). Het R-pakket "limma" wordt gebruikt voor achtergrondcorrectie en normalisatieverwerking met de originele gegevens. Als meerdere probes overeenkomen met 1 gen, wordt de gemiddelde waarde berekend als de genexpressiewaarde [9, 15].

Co-expressie netwerkconstructie en functionele analyse

Vervolgens wordt de zachte drempel berekend door het WGCNA-algoritme. De schaalonafhankelijke waarde en gemiddelde connectiviteit van modules onder verschillende zachte drempels werden getest met de gradiëntmethode om de juiste zachte drempel te bepalen [13, 16, 17]. Door geschikte zachte drempelwaarden te selecteren, werd het co-expressienetwerk geconstrueerd om de authenticiteit van de resultaten te garanderen, en het minimum aantal genen in elke module was niet<30. then,="" use="" the="" r="" package="" "clusterprofiler"="" toolkit="" to="" perform="" go="" analysis="">

Verificatie van Hub-gen

Vervolgens analyseerden we de hub-genen volgens de drempelwaarde in elke module en visualiseerden ze met behulp van Cytoscape-software. De hub-genen werden behandeld als het volgende criterium: (a) absolute waarde van gen significantie (GS), FA 3/7/14 dagen groter dan of gelijk aan 0.2, en (b) de genen in de hoofdmodule werden geanalyseerd door de STRING-database om het eiwit-eiwitinteractienetwerk (PPI) te genereren, en de top 5 genen met de hoogste connectiviteit werden behandeld als hub-genen voor verdere verificatie [20].

Door cisplatine en hypoxie veroorzaakte diermodellen

Mannelijke C57BL/6-muizen (SPF-niveau, 6∼8-week oud, 20∼25 g) werden gekocht bij Chengdu Dashuo Experimental Animal Co., Ltd. (SCXK [Sichuan] 2015-030) en gehuisvest en gefokt onder standaard zorgomstandigheden in het Experimental Animal Center van de Southwest Medical University (SYXK [Sichuan] 2018-065). De muizen

Fig. 1. Constructie van een module voor collaboratieve expressie. Een clusterend dendrogram van 12 monsters. B Analyse van netwerktopologie voor verschillende zachte drempelwaarden (vermogen). C Co-expressiemodule geconstrueerd door het dynamische hybride algoritme. Elke bladknoop vertegenwoordigt een gen en de verschillende kleuren vertegenwoordigen verschillende modules in het boomdiagram.

werden ingedeeld in 3 groepen (n=6 per groep): controle, Cis-AKI en IRI-AKI; muizen in de Cis-AKI-groep werden cisplatine (Sigma-Aldrich, VS) (15 mg / kg) geïnjecteerd door intraperitoneale injectie [21]. Muizen in de IRI-groep werden verdoofd met 1 procent pentobarbital-natrium en op een kleine thermostatische elektrische deken geplaatst om de lichaamstemperatuur op 36 graden te houden. Na anesthesie werden bilaterale flankerende incisies gemaakt en werden de arterioveneuze slagaders afgeklemd

met arteriële clips gedurende 35 min. Zoutoplossing werd druppelsgewijs toegevoegd om denierenvochtig elke 5 min. Nadat de arteriële clip was verwijderd, werden de incisies gehecht en werden de muizen in een omgeving van 37 graden geplaatst [22, 23]. Aan het einde van de experimentele periode werden de muizen op respectievelijk dag 3 en 7 gedood. Bloedmonsters van muizen waren:

verkregen vóór de cervicale dislocatie. Alle experimentele procedures zijn goedgekeurd door de ethische commissie van de Southwest Medical University (goedkeuringsnummer: 201812-55).

Histologische analyse en detectie van nierfunctie

Denierwerd volgens conventionele methoden tot paraffinecoupes gemaakt. In het kort, denierweefsels werden gefixeerd met 10 procent formaldehyde, gedehydrateerd en ingebed in paraffine [24]. De secties werden gedehydrateerd en gekleurd met hematoxyline en eosine (Beyotime, China). Uiteindelijk werden de coupes gefotografeerd met een virtuele objectglaasjesmicroscoop (VS120-S6-W, Olympus, Japan). Tegelijkertijd werden serum Cr en BUN gemeten volgens de instructies van de kit (Nanjing JianCheng, China).

RNA-isolatie en kwantitatieve PCR

Totaal RNA werd geëxtraheerd met behulp van een RNA-extractiekit (Tiangen, Beijing) en complementair DNA werd verkregen met behulp van de Reverse Transcription Kit (Promega, Shanghai, China) volgens de instructies van de fabrikant. Vervolgens werd kwantitatieve PCR uitgevoerd in LightCycler® 480 II Real-Time PCR-systeem (Roche, Duitsland). Primers werden gesynthetiseerd door Sangon Biotech (Shanghai, China) en sequenties zijn beschikbaar in tabel 1.

Western Blot

Totale eiwitten werden geïsoleerd en opgelost in RIPA-buffer. Vervolgens werden eiwitconcentraties gedetecteerd met behulp van een BCA Protein Assay Kit (Beyotime Biotechnology, China). De eiwitmonsters werden op 12 procent natriumdodecylsulfaat-polyacrylamidegel gelopen en overgebracht naar PVDF-membranen (Millipore, Danvers, MA, VS). Membranen werden gedurende 1 uur bij kamertemperatuur geblokkeerd met 5% runderserumalbumine en een nacht bij 4 graden geïncubeerd met de aangegeven primaire antilichamen: anti-Lgals1 (Cell Signaling Technology, Danvers, MA, USA, 1:1,{{10 }}) en anti-Rplp1-antilichamen (Invitrogen, Waltham, MA, VS, 1:500). Daarna werden PVDF-membranen gewassen met Tris-gebufferde Saline Tween en geïncubeerd bij

kamertemperatuur gedurende 1 uur met een secundair antilichaam (Invitrogen, Waltham, MA, VS; 1:10, 000). Banden werden gevisualiseerd met behulp van de ECL Chemiluminescence Kit (Thermo, Waltham, MA, VS) en geanalyseerd met behulp van ImageJ-software.

In situ immunofluorescentie

Voor weefselimmunofluorescentie,nierweefsels werden gefixeerd met 10 procent formaldehyde-oplossing en gedehydrateerd met respectievelijk 10, 20 en 30 procent sucrose, gevolgd door inbedding in OCT. De monsters werden vervolgens in secties van 4- m gemaakt en 3 keer gewassen met PBS gedurende 5 minuten. De weefsels werden gedurende 1 uur bij kamertemperatuur geblokkeerd met 5% BSA en vervolgens een nacht bij 4 graden geïncubeerd met de aangegeven primaire antilichamen: anti-Lgals1 (Cell Signaling Technology, Danvers, MA, VS; 1:200) en anti-Rplp1-antilichamen (Invitrogen, Waltham, MA, VS; 1:100). De volgende dag werden weefsels 3 keer 5 minuten gewassen met PBS, gevolgd door incubatie met Alexa Fluor® 488-geconjugeerde secundaire antilichamen (Cell Signaling Technology, Danvers, MA, VS; 1:200) en bij kamertemperatuur gedurende 1 uur. De beelden werden vastgelegd door een virtuele objectglaasjesmicroscoop (VS120-S6-W, Olympus, Japan).

Statistische analyse

Realtime PCR- en Western-blot-statistische analyses werden uitgevoerd door GraphPad Prism 7. 0 (GraphPad Software, La Jolla, CA, VS). One-way ANOVA werd gebruikt als er meer dan 2 vergelijkingsgroepen zijn. p < 0.05="" werd="" beschouwd="" als="" een="" statistisch="">

Fig. 3. De functionele analyse van de turquoise module. Een genfunctie-verrijkingsanalyseresultaten van de turquoise module. B PPI-netwerk van de hub-genen in de turquoise module en de resultaten werden gevisualiseerd door Cytoscape. PPI, eiwit-eiwit interactie; ECM, extracellulaire matrix.

Resultaten

Voorverwerking van gegevens

De 12 voorbeelden van arraygegevens in de gedownloade dataset GSE121190 zijn voorbewerkt met behulp van het limma-pakket van R-taal. Om genen geassocieerd met AKI te verkrijgen, is het noodzakelijk om genexpressieveranderingen tussen normale en AKI-monsters te vergelijken en de 25 procent van de genen vóór de variantie te screenen. Als resultaat werden in totaal 5.418 genen verkregen voor de laatste WGCNA-analyse.

Constructie van Collaborative Expression Module

Allereerst werden monsters eerst geclusterd om uitbijters te verwijderen met behulp van de R-taal hclust-tool. De resultaten worden weergegeven in figuur 1A. Vervolgens hebben we de onafhankelijkheid en de gemiddelde connectiviteit van modules bij verschillende drempels gemeten. Zoals weergegeven in figuur 1B, kan uit de figuur worden afgeleid dat wanneer de drempelwaarde gelijk is aan 8, dit niet alleen de gemiddelde aansluitgraad van het netwerk niet te laag maakt, maar er ook voor zorgt dat het aangelegde netwerk dicht bij de schaalvrije netwerk.

In de volgende stap hebben we de aangrenzende matrix geconverteerd naar een topologische overlapmatrix om ruis en valse correlaties te verminderen. Een systeemclusterboom werd tot stand gebracht via een topologische overlapmatrix, zoals weergegeven in figuur 1C. En het aantal genen in elke module werd door het dynamische hybride shear-algoritme ingesteld op maar liefst 30. Ten slotte werden 17 modules verkregen uit de systeemclusterboom en het aantal genen in elke co-expressiemodule wordt weergegeven in Tabel 2.

Sleutelmodules en Hub Gene-screening

Daarna analyseerden we de top 3 modules (bruine, blauwe en turquoise modules) en probeerden we de hub-genen te achterhalen. De expressiepatronen van genen in de 3 modules werden geanalyseerd. Zoals weergegeven in figuur 2, onthulde het resultaat dat blauwe en bruine modules negatief gecorreleerd zijn met AKI-progressie, terwijl de turquoise module positief gecorreleerd is met AKI-progressie. We voerden vervolgens de functionele analyse in elke module uit en ontdekten dat de genen in de bruine, blauwe en turquoise modules strikt gerelateerd zijn aan denier, ontwikkeling van het urogenitale systeem, enkele essentiële metabole processen en afzetting van extracellulaire matrix (ECM), die strikt verband houden met nierfibrose; in het bijzonder wordt gedacht dat de turquoise module een essentiële rol speelt bij de ontwikkeling van nierfibrose na AKI (details weergegeven in Fig. 3A en zie online suppl. Fig. 1A, 2A; zie www.karger.com/doi/ 10.1159/000511661 voor al het online suppl.materiaal). Vervolgens probeerden we hub-genen in elke module te vinden en na voorlopig filteren werden de top 5-genen - Lgals1, Rplp1, Col3a1, Col6a2 en Mgp - in de turquoise module behandeld als hub-genen (zoals weergegeven in Fig. 3B). We hebben ook een vergelijkbare analyse uitgevoerd in de blauwe en bruine modules, maar konden geen hub-genen vinden gezien hun expressiepatronen en GS (zoals gepresenteerd in online suppl. Fig. 1B, 2B).

Evaluatie van histologische pathologie en nier

Functie

Vervolgens hebben we Cis-AKI- en IRI-AKI-diermodellen geconstrueerd. Zoals getoond in online suppl. Figuur 3a, HE-kleuringsresultaten suggereerden dat er tubulaire necrose bestond in Cis-AKI/IRI-AKI-modellen, en deblessurewerd in de loop van de tijd geaccentueerd. Ondertussen konden we ook waarnemen dat in vergelijking met de controlegroep een snelle toename van serum Cr en BUN op een tijdsafhankelijke manier. Gezamenlijk wezen al deze resultaten op de succesvolle constructie van AKI-diermodellen.

Verificatie van Hub-gen

Om de betrouwbaarheid van de WGCNA-methode verder te bevestigen en hub-genen te screenen die nauw verband houden met de progressie van nierfibrose, hebben we op bovenstaande basis gestreefd naar het valideren van de expressie van top 5 hub-genen in Cis-AKI- en IRI-AKI-diermodellen met voordeel van real-time PCR, Western blotting en in situ immunofluorescentie. De mRNA-expressieniveaus van Lgals1, Rplp1, Col3a1, Col6a2 en Mgp in deniervan muizen werden gedetecteerd door real-time PCR. Er zijn veel onderzoeksrapporten die aangeven dat Col3a1, Col6a2 en Mgp gerelateerd zijn aan het proces van nierfibrose [23, 25, 26]. Voor Lgals1 en Rplp1 zijn er echter geen studies gedaan naar nierfibrose na AKI, dus werden Western blot en in situ immunofluorescentie gebruikt om de expressie van Lgals1 en Rplp1 verder te verifiëren. Zoals weergegeven in figuur 4B, waren de expressieniveaus van Lgals1 en Rplp1 in Cis-AKI- en IRI-AKI-muizen ook significant verhoogd in vergelijking met de normale groep. Verder hebben we de locatie van Lgals1 en Rplp1 geëvalueerd door in situ immunofluorescentie. Zoals te zien is in figuur 5, bevindt Rplp1 zich voornamelijk in de glomeruli en de niertubuli en wordt Lgals1 gedistribueerd in de interstitiële en renale tubulaire. Belangrijk is dat we ook de correlatie tussen Rplp1/Lgals1 en BUN/Cr hebben gevalideerd, en de resultaten gaven aan dat Rplp1/Lgals1 op eiwitniveau positief gecorreleerd was met BUN/Cr (alle R > 0.5,p < 0.05)="" (fig.="">

Discussie

Toenemend bewijs suggereert dat AKI zich uiteindelijk zal ontwikkelen tot CKD/ESRD, met een hogere incidentie [4, 27]. Tot nu toe zijn er beperkte therapieën voor de overgang van AKI naar CKD [28-30]. Een beter begrip van het pathofysiologische mechanisme en identificatie van potentiële biomarkers zijn daarom zeer nuttig om deze overgang te voorkomen en de prognose ervan te verbeteren. In deze studie hebben we WGCNA uitgevoerd om microarray-gegevens te analyseren met betrekking tot de overgang van AKI naar CKD. Er werden in totaal 17 modules verkregen en de belangrijkste 3 genmodules werden gebruikt voor verdere analyse. De resultaten van deze studie suggereerden dat de 3 genmodules nauw verwant zijn aan:

Fig. 4. Validatie van de hub-genen in de turquoise module. Een kwantificering van de mRNA-expressie van Lgals1, Col3a1, Rplp1, Mgp en Col6a2 door Q-PCR. B Western blot werd gebruikt om de aangegeven eiwitexpressie te onderzoeken. C Kwantificering van eiwitexpressie door scanningdensitometrie. ***p < 0.001="" vergeleken="" met="" de="" controlegroep.="" d,="" e="" de="" correlatie="" tussen="" rplp1/lgals1="" en="" bun/cr="" (alle="" r=""> 0,5,p <>

Fig. 5. Validatie van de locatie van de hub-genen in de turquoise module. A, B De locatie en expressie van Lgals1 en Rplp1 door respectievelijk in situ immunofluorescenties.

de ontwikkeling van nierfibrose na AKI in GO-classificatie, bijvoorbeeld ontwikkeling van het niersysteem, ontwikkeling van niervaten [31, 32], sommige metabole processen [33, 34], mitochondriaal binnenmembraan, binnenmembraan van organellen en ECM [35-37 ]. ECM-onbalans is een belangrijke oorzaak van nierfibrose. Na AKI wordt fibrose beïnvloed door meerdere factoren, zoals opgehoopte ontstekingscellen, geactiveerde myofibroblasten, enzovoort [30, 33]. Daarom concentreerde de huidige studie zich op de turquoise module, aangezien de module nauw verwant is aan de ECM.

Vervolgens hebben we de genen in de turquoise module gefilterd door de GS te berekenen, gevolgd door het PPI-netwerk te genereren. Uit het PPI-netwerk in de turquoise module kan worden geconcludeerd dat 6 genen S100a6, Col3a1, Col6a2, Mgp, Rplp1 en Lgals1 de hoogste connectiviteit vertoonden met andere naburige genen en zich in het midden van het PPI-netwerk bevonden. S100a6 wordt gecodeerd door lid te zijn van de S100-eiwitfamilie. In de literatuur is gemeld dat S100a6 celproliferatie kan reguleren en kan deelnemen aan immuungemedieerde pathologische processen van nierepitheel-mesenchymale overgang en fibrose [38, 39]. Col3a1 en Col6a2 zijn respectievelijk collageen type III alfa-1 en collageen type VI alfa-2 ketens. Ze coderen voor collageen, binden aan extracellulaire machine-eiwitten en zijn uiterst belangrijk in celmatrixcomponenten. Wanneer fibrose optreedt in organen zoals de lever en de nieren, is de expressie van deze collagenen verhoogd, wat een essentiële indicator is voor het beoordelen van de voortgang van de ziekte en de observatie van het therapeutische effect [23, 25]. Mgp, een matrix van Gla-eiwit, is een lid van de osteocalcine/Mgp-familie die tot expressie wordt gebracht na CKD en is geassocieerd met de nierprognose [26, 40]. In overeenstemming met eerdere studies, onthulde ons onderzoek ook dat S100a6, Col3a1, Col6a2 en Mgp potentiële vroege diagnostische markers zijn van nierfibrose na AKI.

Rplp1, een gen dat codeert voor een ribosomaal eiwit dat deel uitmaakt van de 60S-subeenheid, speelt een belangrijke rol in de verlengingsstap van eiwitsynthese. Rplp1 wordt sterk tot expressie gebracht in meerdere menselijke kankercellen en het ontbreken ervan zal de eiwitsynthese beïnvloeden, wat leidt tot apoptose [41, 42]. Lgals1, ook bekend als Galectin-1, is een lid van de -galacto-side-bindende eiwitfamilie en speelt een rol bij het reguleren van apoptose, celproliferatie en celdifferentiatie. Lgals1 is een onderzoekshotspot op het gebied van tumoren, en veel recente onderzoeken hebben gemeld dat het ook een vitale rol speelt in het proces van orgaanfibrose. Er is aangetoond dat Lgals1 in hoge mate tot expressie wordt gebracht in nieren van type I en type II diabetes en een nieuwe marker is van nierfibrose [43–45]. Het is echter vermeldenswaard dat Rplp1 en Lgals1 niet zijn gemeld bij nierfibrose na AKI. In de huidige studie hebben we voorlopig bewezen dat Rplp1 en Lgals1 kunnen worden gebruikt als potentiële biomarkers bij nierfibrose na AKI door middel van bio-informatica en experimentele wijze. Onze meerdere experimentele analyses gaven aan dat de weergave van Lgals1 en Rplp1 dramatisch toenam in de nieren van IRI-AKI en Cis-AKI, en de expressie van de 2 genen is verhoogd na 3 dagen en afgenomen na 7 dagen, wat consistent is met de resultaten geanalyseerd door de WGCNA bioinformatica methode.

Opgemerkt moet worden dat er verschillende beperkingen van het onderzoek zijn: ten eerste is het aantal monsters dat voor analyse wordt gebruikt relatief onvoldoende, wat de nauwkeurigheid van de analyse kan weglaten of verminderen. Ten tweede werden de hub-genen alleen verder onderzocht in het AKI-knaagdiermodel in plaats van in menselijke exemplaren, wat ook de vertaling van de bevindingen van de muis naar de mens kan belemmeren. Er zijn veel onderzoeken naar LGALS1 bij menselijke kanker, en de expressie ervan is verhoogd bij nierkanker. Het richten van LGALS1 kan de ontwikkeling van zijn tumoren remmen. Hoewel RPLP1 is gevonden bij endometriose, gynaecologische tumoren en andere ziekten, is het niet onderzocht in menselijke nieren. Verder onderzoek van hub-genen op menselijke specimens, zoals uitscheiding via de urine, kan hun biologische rol klinisch beter ophelderen. Concluderend heeft de huidige studie de basis gelegd voor het verder bestuderen van de rol van Rplp1 en Lgals1 in AKI.

cistanche geweldigvoornier herstel

conclusies

Samenvattend, deze studie identificeerde sleutelgenen gerelateerd aan AKI door middel van WGCNA-analyse, en vond experimenteel 2 hub-genen met potentieel voor verder onderzoek, Rplp1 en Lgals1. Het specifieke mechanisme in de pathogenese van AKI blijft echter verder onderzoek. De geselecteerde kritische kandidaatgenen bieden nieuwe onderzoeksrichtingen voor de preventie, diagnose, behandeling en prognose van nierfibrose.

Verklaring van ethiek

Alle dieren werden behandeld in overeenstemming met de National Institutes of Health Guidelines voor het gebruik en de verzorging van proefdieren.

Belangenconflict verklaring

De auteurs verklaarden dat er geen belangenconflicten zijn.

Financieringsbronnen

Dit werk werd ondersteund door Luzhou – Southwest Medical Joint Platform Project (2017LZXNYD-P01 en 2018LZXNYD-PT03), het bouwproject van Sichuan Provincial Key Laboratory of Medicine (2018#53), het Sichuan Science and Technology Project (2020YJ0442); de gezamenlijke speciale subsidie ​​van Luzhou Municipal - Southwest Medical University voor de introductie van talenten op hoog niveau (Lan Hui-Yao-team); en het Southwest Medical University and Affiliated Traditional Medicine Hospital Joint Program (2018XYLH-029).

Bijdragen van auteurs

Li Wang en Jianchun Li bedachten en coördineerden het onderzoek. Xiao Lin schreef de krant. Jianchun Li herzag het papier. Jianchun Li voerde de bioinformatica-analyse uit. Xiao Lin voerde het dierexperiment uit en voerde de realtime PCR, IHC en IF uit. Xia Zhong en Jieke Yang voerden de WB uit en verzamelden de niermonsters van muizen. Ruizhi Tan voerde de statistische analyse uit. Alle auteurs beoordeelden de resultaten en keurden de definitieve versie van het manuscript goed.

cistanche supplementen ervaring in nierfunctieregulatie